Les imatges seran d’alta qualitat nomes en el cas que sigui capaç d’estar completament quiet o aguantar la respiració, en el moment de demanar-li que ho faci, mentre es graben les imatges. Si nota ansietat, confusió o té molt dolor, li serà molt difícil complir aquesta condició d’estar quiet.
Es pot donar el cas que algunes persones no puguin acomodar-se a l’obertura de la maquina convencional de RM.
La presencia d’algun implant o objecte metàl·lic a vegades dificulta l’obtenció d’imatges clares. El moviment del pacient durant el procediment pot suposar el mateix efecte.
Generalment, la RMN no es recomana a pacients que han estat greument ferits; però, això pot estar subjecte a la decisió clínica. Això es deu a que molts dispositius de tracció i molts tipus d’equips d’assistència vital hauran de restar lluny de l’àrea d’exploració.
A part, aquestes exploracions duren més temps que altres modalitats de diagnòstic per la imatge ( raig X i TC ) i els resultats no s’obtenen de forma immediata tal i com pot ser necessari en aquestes situacions de trauma.
Encara que no hi ha cap raó per pensar que la ressonància magnètica nuclear pugui causar danys en el fetus, normalment s’adverteix a les dones embarassades que no es realitzin exploracions de RMN a menys que així ho indiquin els termes mèdics.
La RMN no sempre distingeix entre teixit de càncer i el líquid d’edema.
Normalment, la RMN és més costosa y tarda més temps en realitzar-se que altres modalitats de diagnòstic per la imatge.